После ухода в 1861 г. Ф. О. Елачича в отставку университетскую хирургическую клинику возглавил профессор Лев Фомич Сутковский (1821 —1886). Кафедра носила название оперативной хирургии. Затем кафедру уже под названием «факультетская хирургия» возглавляли с 1872 по 1882 г. А. Н. Бекетов и с 1883 по 1887 г. Н. И. Боголюбов (1840—1893). Расцвет «главной» хирургической кафедры начался с 1887 г., когда во главе ее встал Л. Л. Левшин. Кроме Н. И. Студенского, все классики казанской хирургии университетской эпохи в последующем работали в факультетской клинике.
После Л. Л. Левшина кафедру факультетской хирургии недолгое время (1893—1896) возглавлял представитель московской хирургической школы профессор Василий Иванович Кузьмин (1851—?), а затем с 1896 по 1909 г. — профессор В. И. Разумовский. При нем кафедра переехала в новое здание по ул. Ново-Горшечная (ныне клиника им. А. В. Вишневского по ул. Бутлерова). Она стала центром высококвалифицированной хирургической помощи, куда стекались больные со всего Волжско-Камского края. После отъезда В. И. Разумовского в Саратов для организации нового университета кафедру факультетской хирургии до 1926 г. возглавлял Николай Александрович Геркен (1863—1933). Он замыкает галерею виднейших представителей казанской хирургической школы XIX столетия.
Геркен Николай Александрович
Н.А. Геркеном написан ряд капитальных научных работ, имеющих выдающееся теоретическое и практическое значение: докторская диссертация и статьи «Об аденоидных разращениях глотки как детской болезни школьного возраста», «О силах, действующих при переломах костей», «О задачах изучения оперативной хирургии», монография «Повреждения и хирургические болезни носа, его придаточных полостей и носоглотки». Н. А. Геркен интересовался риноларингоотиатрией и глазными болезнями. Много внимания он уделял изучению трахомы, а в последние годы жизни — борьбе с ней в Чувашии.
Как вспоминал профессор П. В. Маненков, известный казанский акушер-гинеколог, «Н. А. Геркен был искусным хирургом, талантливым диагностом, исключительно одаренным преподавателем и организатором-клиницистом. Особенно привлекал к себе внимание диагностический талант Геркена, признанный и его сослуживцами-профессорами. В моей памяти сохранились два подтверждающих это случая. Будучи студентом, я увидел на приеме у профессора по кожно-венерическим болезням В. Ф. Бургсдорфа больного, направленного к нему с диагнозом «гуммозный сифилис». В области грудины у него была эластическая опухоль с гусиное яйцо.
После длительного дифференциально-диагностического анализа профессор Бургсдорф все же воздержался от окончательного диагноза и направил больного на консультацию к профессору Геркену. Тот быстро и просто поставил диагноз. Он внимательно, поверх очков, посмотрел на больного, бросил на пол карандаш и попросил больного поднять его. Видя, как больной бережно, скользя ладонями по бедрам, сгибался, он поставил диагноз «туберкулезный спондилит с натечным абсцессом в области грудины», что и подтвердила пункция...
Чуткий и весьма внимательный к запросам молодежи, Н. А. Геркен пользовался большой популярностью в широких кругах студенчества и врачей. Студенты охотно посещали лекции и клинику Н. А. Геркена. Он привлекал их своей эрудицией в области различных наук и особенно медицины. Он учил студентов наблюдательности, столь необходимой для врача. Много раз, начиная свои лекции, он ставил студентов в тупик, показывая им или калабарский боб, или поднятый им осенью опавший с дерева лист и спрашивая «что это?», «вот какого дерева лист?». И мы, постоянно проходившие по этим листьям и не обращавшие на них никакого внимания, начинали больше вникать в суть явлений».
В 1907—1909 гг. Н. А. Геркен редактировал «Казанский медицинский журнал». Он создал собственную хирургическую школу, из которой вышли профессора В. Н. Парин (Пермь), Н. В. Соколов (Казань), Л. А. Андреев (Ленинград), П. А. Глушков (Казань), М. О. Фридланд (Москва) и др.
