Свою историю кафедра анатомии, физиологии и судебной врачебной науки ведет с 1806 г., со времени избрания ее профессором И. П. Каменского ( 1773—1819). Кафедра разместилась в здании университета.
Таким образом, кафедры анатомии и физиологии являются первыми старейшими кафедрами КГМУ, ведущими свою историю с начала XIX в.
Из весьма подробного и тщательного исследования истории кафедры, проведенного Э. С. Валишиным (1989), видно, что первый профессор анатомии И. П. Каменский в своей преподавательской деятельности сталкивался с большими, часто непреодолимыми трудностями, которые заключались в отсутствии пригодного для преподавания помещения, анатомических препаратов, оборудования и учебных руководств.
После увольнения И. П. Каменского кафедру возглавил И. О. Браун, который по дороге из Вены в Казань приобрел в Москве набор анатомических инструментов. Он инициировал разработку проекта постройки на территории университета анатомического театра. Однако французское нашествие и Отечественная война 1812 года воспрепятствовали реализации этого замысла. В 1812 г. стараниями И. О. Брауна анатомический театр разместился в доме, предназначенном для типографии университета. Условия преподавания значительно улучшились.
После смерти И. О. Брауна временно преподавание анатомии вели студент Ф. М. Отсолиг и профессор терапии К. Ф. Фукс. Проведший в 1819 г. ревизию университета М. Л. Магницкий дал нелицеприятную характеристику состояния кафедры. По его словам, анатомический театр представлял собой избу с печью, в которой хранились обглоданные крысами человеческие кости, скелеты четвероногого петуха и двух уток. В результате кафедра была вновь переведена в главный университетский корпус и размещена в непосредственной близости с больницей и студенческой столовой.
В 1820 г. кафедру возглавил воспитанник Петербургской медико-хирургической академии, ученик основателя отечественной анатомии П. А. Загорского Петр Степанович Карейша (1796—1830). Он значительно пополнил кафедру учебными препаратами.
В 1825 г. произошло событие, связанное с анатомическим театром и вошедшее в историю Казанского университета. «Необычайное соседство кафедры (с больницей и столовой) вынудило университетское начальство в период ожидаемого визита М. Л. Магницкого в Казань в августе 1825 г. запретить употребление пахучих фиксирующих жидкостей. Вследствие этого нефиксированные трупы и их части начали разлагаться, и зловоние распространилось по всему университетскому корпусу. Возмущенный увиденным М. Л. Магницкий, приехавший в Казань 21 августа, отдал распоряжение о предании земле всех этих остатков». Приведенная трактовка описанного события является, на наш взгляд, более убедительной, чем трактовки большинства историков, описывающих его «как торжественное захоронение анатомических препаратов» и проявление реакционной деятельности М. Л. Магницкого.
После описанных событий кафедра анатомии перемещается сначала в небольшое каменное здание, находящееся в ботаническом саду, а в 1829 г. — в нанятый частный дом.
П. С. Карейша умер в 1830 г. от холеры. После его смерти занятия по анатомии вел прозектор А. Гамбург, а в 1832 г. кафедру занял В. Ф. Берви.
