В 1967— 1968 гг. начался новый этап в развитии высшего медицинского образования в СССР. Он связан с именем министра здравоохранения СССР, выдающегося отечественного хирурга, академика Б. В. Петровского. Сущность инициированной им реформы заключалась в том, что общеврачебная подготовка студентов завершалась в пятилетний срок, 6 курс был предназначен для первичной преддипломной специализации — субординатуры по одной из ключевых клинических дисциплин, а следующий последипломный седьмой год обучения получил название интернатуры. Сочетание субординатуры и интернатуры позволило перейти от подготовки врачей общего профиля к подготовке на лечебном факультете специалистов — терапевтов, хирургов, акушеров-гинекологов, психоневрологов, судебно-медицинских экспертов, а на педиатрическом — врачей-педиатров и детских хирургов.
В учебных планах появились новые предметы и курсы: общая и медицинская генетика, биофизика, профессиональные болезни и др. Для повышения научного уровня преподавания и более тесной связи науки и практики во всех крупных медицинских институтах были организованы Центральные научно-исследовательские лаборатории.
Ректорство X. С. Хамитова
С 1963 по 1989 г., более четверти века, двенадцатым ректором КГМИ работал заслуженный деятель науки РСФСР и ТАССР, профессор Ханиф Сабирович Хамитов (1928— 2003). После окончания с отличием в 1950 г. лечебного факультета КГМИ он принимается на кафедру нормальной физиологии, где под руководством профессора А. В. Кибякова выполняет и в 1953 г. защищает кандидатскую диссертацию «О некоторых механизмах нервно-рефлекторной регуляции гладкой мышцы». В конце 1963 г. X. С. Хамитова назначают ректором КГМИ, а в 1965 г. он защищает докторскую диссертацию «О взаимоотношениях между поджелудочной железой и холинергической системой животного организма». Профессору X. С. Хамитову принадлежит более 150 научных работ, в том числе 4 монографии. Он подготовил 4 докторов и 24 кандидатов медицинских наук. Заслуги X. С. Хамитова отмечены многими орденами и медалями.
Открытие новых факультетов
В последние три десятилетия истории КГМИ в вузе были открыты два новых факультета: фармацевтический (1975 г.), факультет социальной работы (1991 г.). Таким образом, в институте стало 6 факультетов, что, может быть, сыграло решающую роль в 1994 г. при переводе КГМИ из статуса медицинского института в статус медицинского университета.
В КГМИ начинает обучаться все больше и больше иностранных студентов, их число к началу 90-х гг. превышает 100 человек. Для обеспечения лучших условий для их учебы в 1991 г. создается деканат по обучению иностранных учащихся. Его возглавляют доцент А. П. Киясов (1991—1993 гг.), доцент В. С. Давыдов (1993—2000 гг.).
Организация новых факультетов обусловила необходимость создания новых кафедр. Для обучения студентов фармацевтического факультета были организованы кафедры: технологии лекарств (проф. Л. А. Поцелуева, 1977), фармакогнозии с курсом ботаники (доц. М. Г. Асадуллин, 1977), фармацевтической и токсикологической химии (доц. А. В. Литвиненко, 1977), организации и экономики фармации (доц. Л. Г. Уразаева,1978), патологии и фармакотерапии (проф. М. М. Миннебаев, 1983). В 1975 г., когда набор студентов на вновь созданный факультет был крайне малым, он входил в состав санитарно-гигиенического (декан — доц. И. А. Мухутдинов), а Р. А. Гараев работал на общественных началах заместителем декана, ответственным за новый факультет. Деканами факультета работали: с 1976 по 1984 г.— доцент А. В. Литвиненко, с 1984 по 1993 г.— доцент В. А. Щукин, с 1993 по 1998 г.— профессор Л. А. Поцелуева.
Факультет социальной работы был создан для подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов по социальной работе в организациях и учреждениях социальной сферы. По мере развития основу факультета составили три кафедры: кафедра экономической теории и социальной работы (создана в 1996 г. на базе кафедры основ экономической теории и экономики медицины), кафедра общей и медицинской психологии с курсом педагогики (создана в 1997 г. на базе кафедры педагогики и медицинской психологии), кафедра истории отечества и социологии. Организаторами факультета были доценты Валентина Серафимовна Хазиахметова (она же и. о. декана в 1991 г.), Фарида Тансыковна Нежметдинова и Роза Александровна Худякова. Деканами факультета являлись Ф. Т. Нежметдинова (1991—1993), В. С. Хазиахметова (1993—1995), М. Н. Максимова (с 1995 г.).
Открытие новых кафедр
В 1964— 1994 гг. в КГМИ была проведена реорганизация ряда кафедр и были открыты новые кафедры. Эти нововведения (порой спорные, а то и неоправданные) в условиях научно-технической революции и дальнейшей дифференциации знаний в целом носили прогрессивный характер и стимулировали научные исследования, клиническую, лечебную работу и повышение уровня образования студентов.