По уставу 1863 г. число кафедр на медицинском факультете увеличилось с 10 до 17, причем самостоятельное положение приобрели дисциплины, имеющие исключительно важное значение для теоретической подготовки будущего врача и постановки научных исследований, соответствующих требованиям времени. Легко заметить, что идеология этих преобразований была апробирована в Петербургской медико-хирургической академии. Так, вводятся кафедры:
- медицинской химии и физики с разделами физиологической химии и патологической химии;
- эмбриологии, гистологии и сравнительной анатомии;
- общей патологии - отдельно от физиологии;
- патологической анатомии;
- введены в состав кафедр факультетские клиники (терапевтическая и хирургическая) и образованы заново две госпитальные клиники - терапевтическая и хирургическая;
- исключена кафедра скотолечения, а курс эпизоотических болезней с ветеринарной полицией предусмотрен в плане преподавания судебной медицины с гигиеной и медицинской полицией.
Кафедра, именовавшаяся по уставу 1835 г. «умозрительной хирургией», получила новое название — «теоретической хирургии», с разъяснением, что к ней приданы
- офтальмология с клиникой,
- учение о сифилитических болезнях и болезнях мочевых и половых органов, с клиникой.
Кафедра под названием «специальная патология и терапия» включала «систематическое и клиническое излжение учения о нервных и душевных болезнях» и «о накожных болезнях». Курс истории медицины и энциклопедии был придан кафедре общей терапии и врачебной диагностики.
Если ко всему этому добавить, что физику, неорганическую и органическую химию, зоологию, ботанику студенты медицинского факультета слушали на общеуниверситетских кафедрах, то можно с полным основанием говорить о том, что в 60-х гг. XIX в. на медицинском факультете Казанского университета произошло значительное повышение теоретического уровня преподавания.
В ходе развития медицинского образования стала очевидна необходимость выделения в самостоятельные кафедры ряда дисциплин, существовавших в виде придатков к другим кафедрам, иной раз весьма далеким друг от друга. Так, еще в 1866 г. совет университета положительно отнесся к внесенному медицинским факультетом предложению об отделении от кафедры судебной медицины в самостоятельную кафедру гигиены. В 1869 г. представление совета университета было удовлетворено, и в Казани начала функционировать первая в российских университетах кафедра гигиены.
Значительно укрепилась материальная база медицинского факультета. На основе устава 1863 г. наряду с кафедрами, представлявшими академическое понятие, появляются соответственные «особые учреждения», относящиеся к медицинскому факультету и выражающие материальный, прикладной субстрат этих кафедр. Приведем перечень этих особых учреждений в том порядке, в каком они перечисляются в «Известиях Казанского университета» за 1878 г.:
- Музей физиологической анатомии (Д. С. Ермолаев)
- Музей патологической анатомии (А. В. Петров)
- Гистологический кабинет (К. А. Арнштейн)
- Фармацевтический кабинет с лабораторией (Р. А. Лангель)
- Фармакологический кабинет с лабораторией (И. М. Догель)
- Кабинет судебной медицины (И. М. Гвоздев)
- Кабинет гигиенический (И. П. Скворцов)
- Кабинет общей патологии с лабораторией (В. В. Пашутин)
- Медико-химический кабинет и лаборатория (А. Я. Щербаков)
- Кабинет теоретической хирургии (Л. Л. Левшин)
- Акушерский кабинет и акушерская клиника (В. М. Флоринский)
- Терапевтическая и факультетская клиника (Н. А. Виноградов)
- Хирургический кабинет и хирургическая факультетская клиника (А. Н. Бекетов)
- Офтальмологическая факультетская клиника и кабинет (Е. В. Адамюк)
- Терапевтическая госпитальная клиника с кабинетом (М. Ф. Субботин)
- Хирургическая госпитальная клиника с кабинетом (М. В. Никольский)
Всего, таким образом, за медицинским факультетом числилось 16 так называемых «особых учреждений». Все они имели соответствующее оборудование и, как явствует из их наименований, служили целям практики, учебной и научной, применительно к теоретическому содержанию каждой отдельной кафедры. В последующие годы, с появлением новых кафедр (дерматовенерологии, нервных болезней, педиатрии, психиатрии и др.), возникли и соответствующие клиники, кабинеты, лаборатории.