За годы, прошедшие со времени получения университетского статуса, в структуре КГМУ произошли некоторые изменения (решение ученого совета КГМУ от 24.06.1998 г., протокол № 12; приказ ректора КГМУ от 1 июля 1998 г. № 248):
- организована кафедра фармакологии с курсом фармакогнозии (зав. кафедрой — профессор Р. С. Гараев) путем объединения кафедры фармакологии и кафедры фармакогнозии;
- организована кафедра фармацевтической химии с курсами аналитической и токсикологической химии (зав. кафедрой — доцент Н. А. Сидуллина) путем перевода курса аналитической химии с кафедры биоорганической химии на кафедру фармацевтической химии;
- организована кафедра гигиены, медицины труда с курсом медицинской экологии ФПДО (зав. кафедрой — профессор Н. А. Амиров) путем объединения кафедры гигиены труда с курсом профессиональных болезней, кафедры коммунальной гигиены и гигиены питания, кафедры общей гигиены и гигиены детей и подростков педиатрического факультета;
- передано преподавание общей гигиены педиатрического факультета с кафедры общей гигиены и гигиены детей и подростков педиатрического факультета на кафедру общей гигиены с экологией и военной гигиеной;
- организована кафедра биомедэтики и медицинского права с курсом истории медицины (зав. кафедрой — профессор В. Ю. Альбицкий) путем объединения курса истории медицины и биомедэтики и курса правоведения кафедры судебной медицины и правоведения;
- организована кафедра общей и органической химии (зав. кафедрой — профессор И. А. Абдуллин) путем объединения кафедры бионеорганической химии и кафедры биоорганической и биофизической химии;
- организована кафедра хирургических болезней № 1 с курсами онкологии, анестезиологии и реаниматологии (зав. кафедрой — профессор Д. М. Красильников) путем объединения кафедры хирургических болезней лечебного факультета с курсами онкологии и микрохирургии и кафедры анестезиологии и интенсивной терапии;
- организована кафедра внутренних болезней № 1 с курсом эндокринологии (зав. кафедрой — профессор И. Г. Салихов) путем объединения кафедры внутренних болезней № 1 лечебного факультета с курсом физиотерапии и кафедры эндокринологии;
- организована кафедра медицинской и общей психологии с курсом педагогики (зав. кафедрой — профессор В. Д. Менделевич) путём объединения курса педагогики и курса медицинской и общей психологии.
В связи с закрытием вечерних отделений лечебного и педиатрического факультетов, во исполнение решения ученого совета КГМУ от 26 июня 2001 г. (приказ №431 от 11.07.2000 г.): расформирована кафедра внутренних болезней № 3 и организована кафедра факультетской терапии (зав. кафедрой — профессор А. С. Галявич); объединены кафедры хирургических болезней № 3 и общей хирургии (зав. кафедрой — профессор С. В. Доброквашин); кафедра внутренних болезней № 1 переименована в кафедру госпитальной терапии; курс теории и методики сестринского дела кафедры экономической и социальной работы преобразован в кафедру менеджмента и организации сестринского дела (приказ № 358 от 02.07.2001 г.).
В 2004 г. на базе кафедры фармакологии с курсом фармакогнозии были созданы кафедры фармакологии (зав. кафедрой — профессор Р. С. Гараев) и фармакологии фармацевтического факультета с курсами фармакогнозии и ботаники (зав. кафедрой — профессор А. У. Зиганшин). В том же году из состава кафедры латинского языка и медицинской терминологии с курсом татарского языка была выделена кафедра русского и татарского языков (зав. кафедрой доцент Л. И. Фидаева была назначена в 2005 г.).
В 2000 г. курс неврологии и нейрохирургии ПДО был реорганизован в кафедру неврологии, нейрохирургии и нейрореабилитации ФПДО (приказ ректора № 404 от 29.06.2000 г.), которая в 2001 г. была переименована в кафедру неврологии и нейрохирургии ФПДО (приказ ректора № 346 от 27.06.2001 г.). Заведует кафедрой профессор В. И. Данилов.
Ученый совет КГМУ принял решение (протокол № 1 от 04.09.2002 г.) о реорганизации курса врачей общей практики и неотложной терапии в кафедру общей врачебной практики (зав. кафедрой — профессор О. Н. Сигитова). В 2004 г. на базе курса медицинского страхования и медицинского права (он функционировал в составе кафедры биомедицинской этики и медицинского права с курсом истории медицины) образована кафедра медицинской экспертизы ФПК и ППС (зав. кафедрой — доцент А. И. Ибрагимов). В 2005 г. курс фармации последипломного образования также приобрел статус кафедры (зав. кафедрой — профессор С. Н. Егорова). Таким образом, к началу 2006 г. в структуре Казанского государственного медицинского университета функционировали 63 студенческие и 4 кафедры последипломного образования.
