Мы уже обращались к концепции университетского образования, сформированной в России в позапрошлом веке. «Университет представляет из себя такую среду для научного развития молодых людей, какую не может предоставить никакая высшая школа, потому что в университете преподаются все научные категории знаний, которые в данный момент составляют достояние человечества, и студенты живут в атмосфере этих знаний» (С. Ю. Витте, российский государственный деятель конца XIX в.). Так должно быть.
С начала 90-х гг. XX в. в Казанском государственном медицинском институте происходит формирование организационно-структурной базы для будущего университета: 1991 г.— начата профессиональная переподготовка по специальности «социальная работа», для этого образован факультет, организатором которого была доцент В. С. Хазиахметова, первым деканом — доцент Ф. Т. Нежметдинова; 1993 г.— образован факультет последипломного образования (первый декан — доцент К. К. Яхин, незадолго до этого защитивший докторскую диссертацию, впоследствии, в 1995 г., он занял должность проректора по этому направлению работы); 1994 г.— открыта подготовка по специальности «сестринское дело» на базе отделения высшего сестринского образования при медико-профилактическом факультете (декан — доцент Ш. Б. Файзуллин).
Уже в Казанском государственном медицинском университете процесс расширения сферы деятельности получил продолжение: в 1996 г. впервые осуществлен прием студентов на базе среднего общего полного образования по очной форме обучения на факультете социальной работы, деканом его в 1995 г. назначена доцент М. Н. Максимова; в 1997 г. организовано отделение довузовского образования, призванное обеспечить подготовку абитуриентов как в Казани, так и в Республике Татарстан и за ее пределами (Республика Марий Эл, Республика Калмыкия), первым и бессменным руководителем отделения является профессор Л. Т. Мусина; в 1997 г. отделение высшего сестринского образования получает статус факультета менеджмента и высшего сестринского образования (с 1996 г. декан — профессор Ш. М. Вахитов).
В 1998 г. произошло революционное для медицинского вуза событие — в дополнение к заочному отделению факультета социальной работы, которое работало с 1991 г., были открыты заочные отделения на фармацевтическом и сестринском факультетах. Поскольку прием на эти отделения осуществляется только на основе компенсации расходов на образование, то их организация стала существенным подспорьем для того, чтобы повысить заработок преподавателей и уберечь некоторых из них от сокращения штатов.
В середине 1990-х гг. получила дальнейшее развитие организация платных образовательных услуг. Кроме платного обучения по основной специальности у студентов появилась возможность получать дополнительные образовательные услуги, развивалась весьма перспективная подготовка врачей и специалистов по заказу работодателей (она получила название целевая-контрактная подготовка в соответствии с формулировкой постановления правительства России, подписанного в 1995 г. тогдашним премьером В. С. Черномырдиным). Для кура-ции контрактных форм обучения, а также для работы с иностранными обучающимися в 1994 г. было образовано управление, которое возглавила доцент Л. М. Мухарямова ( в 1999 г. получила статус проректора).
В 2000 г. произошло достаточно симптоматическое событие — последний выпуск вечернего или, как теперь принято называть, очно-заочного отделения лечебного факультета, прием на который был, кстати, завершен по рекомендации аттестационной комиссии вуза в 1993 г. Знаменательность этого явления заключается в отказе от еще одного элемента советской образовательной системы, которая характеризовалась атрибутами социальной защиты студентов из трудовой среды. Немного жаль, но факт есть факт — такая постановка дела стала архаизмом.
В 2001 г. факультет последипломного образования стал называться факультетом повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов (декан — доцент А. И. Ибрагимов, с 2005 г.— доцент О. Ю. Карпухин).
Характеристика периода становления новых структур университета была бы неполной без упоминания о представительствах в городах Набережные Челны (с 1996 г. директор — Р. Б. Сабиров) и Йошкар-Ола (с 1995 г. возглавляет И. С. Мошкина). Ранее они именовались филиалами, учебно-методическими центрами, но dura lex sed lex, после утверждения Типового положения о вузе (2001) название приведено в соответствие с требованиями. Однако дело не в названии, а в том, что эти территориальные подразделения заняли устойчивое положение в жизни университета, защищая его интересы путем проведения довузовской подготовки, циклов последипломного обучения, организации производственной практики, в Набережных Челнах — консультационной работы со студентами заочных отделений.
С каждым шагом утверждения в России рыночных отношений, изменением форм собственности, внедрением страховой медицины, расширением нормативно-правовой базы деятельности лечебно-профилактических учреждений все сложнее было строить отношения с больницами и поликлиниками (а их к началу XXI в. было уже 45), центрами санитарно-эпидемиологического надзора, аптеками, органами социальной защиты населения. Главные врачи, в большинстве своем искренне лояльные по отношению к alma mater, под давлением налоговых и контрольно-бюджетных органов были вынуждены предлагать медицинскому университету контрактные арендные отношения. С целью удержать ситуацию под контролем на основе ранее существовавшего лечебного отдела было создано управление по клинической работе и медицинскому маркетингу (приказ ректора № 222 от 17.05.1999) во главе с проректором, доцентом Э. 3. Якуповым.
Особого внимания заслуживает посещение Казанского государственного медицинского университета Президентом Республики Татарстан М. Ш. Шаймиевым. Оно состоялось 1 сентября 1999 г. в День знаний. В присутствии преподавателей и студентов Президент заложил Памятный камень в ознаменование 100-летия так называемых новых клиник на Арском поле (в настоящее время — квартал между улицами Бутлерова, Толстого и Курашова). На рабочем совещании был определен план мероприятий по воссозданию историко-архитектурного научно-практического и учебного комплекса «Университетский клинический городок». Увы, до сей поры он не начал реализовываться, хотя со стороны медицинского университета предпринято немало усилий для этого (обращения к отраслевому и республиканскому руководству). Еще в 1998 г. Казанский ГМУ выступил соучредителем (совместно с Управлением здравоохранения мэрии г. Казани) коммунального медицинского учреждения «Клиника медицинского университета» в составе трех учреждений: родильный дом № 3 имени проф. В. С. Груздева, детская больница № 6 имени проф. В. К. Меньшикова и урологическая клиника имени проф. А. В. Вишневского.
Для оказания платных медицинских услуг в 2003 г. начал работу консультационно-диагностический центр (ул. Пионерская, д. 14, в здании общежития), в котором профессора-клиницисты за плату консультируют пациентов.
