Устав Казанского университета император Александр I подписал 5 ноября 1804 г. В параграфе 1 определялась цель его основания — «Императорский Казанский университет есть высшее ученое сословие, для преподавания наук учрежденное. В нем приуготовляется юношество для вступления в различные звания государственной службы». Или, говоря словами одного из первых историков университета, его открыли с целью «доставить Отечеству образованных людей во всяком роде службы государственной, наипаче же для Сибирских губерний».
Выбор Казани в качестве университетского центра определялся несколькими обстоятельствами. Во-первых, Казань была крупным губернским городом с населением в 30 тыс. жителей. Во-вторых, она являлась тем экономическим центром, через который осуществлялась торговля с Сибирью, Бухарой, Китаем. В-третьих, основанию университета в Казани способствовало и то, что здесь с 1758 г. существовала гимназия, третья в стране после Московской и Петербургской. Таким образом, имелась естественная база для первоначального формирования контингента преподавателей и студентов университета. Наконец, нельзя сбрасывать со счетов и субъективный фактор: открытию университета способствовал казанский губернатор Б. А. Мансуров, заботящийся об учреждении в губернии учебных заведений.
1804—1814 гг. явились временем первоначального становления университета. Преподавание осуществлялось без разделения на факультеты, носило неопределенный характер, «с лекции, где разбирались стилистические красоты Ломоносовской оды, студенты шли слушать теорию гальвинизма, от объяснений Овидия переходили к тригонометрическим задачам, с германского права шли на ботанику». До 1814 г. было время, когда лекции читались только одному студенту Н. И. Лобачевскому.
Университет разместился в помещении гимназии (ныне — восточное крыло главного здания КГУ), ее преподаватели стали первыми профессорами и адъюнктами университета, а директор гимназии И. Ф. Яковкин был назначен на должность директора университета. Первых студентов в количестве 33 человек отобрали из гимназистов старших классов. Возглавлял список С. Т. Аксаков — будущий выдающийся русский писатель, автор сказки «Аленький цветочек». Он вошел в историю Казанского университета как первый его студент. В 1822 г. число студентов увеличилось до 91, в 1826 г. - до 115.
Постепенно формировался в эти годы и преподавательский состав. Из-за нехватки отечественных научных кадров правительство приглашало для преподавания в университеты иностранных ученых, чаще всего немцев. В этом отношении особенно «повезло» медицинскому факультету Казанского университета: ко времени открытия «врачебного отделения» все его кафедры заняли профессора-иностранцы. В целом по университету в 1809 г. на русском языке читались 8 предметов, на латинском — 5, на французском — 3, на немецком — 1.
Полное открытие университета с подразделением на факультеты состоялось в июне 1814 г.
Первым выборным ректором стал медик, профессор кафедры анатомии, физиологии и судебной врачебной науки Иван Осипович Браун.
В 20-х гг. Казанский университет пережил тяжелое потрясение — эпоху Магницкого (1819—1826 гг.), обусловленную усилившейся после окончания Отечественной войны политической реакцией. Либеральные реформы, с которых начал свое царствование Александр I, исчезли, говоря словами А. С. Пушкина, «как сон, как утренний туман». Правительство перешло к реакции во всех сферах государственной жизни, в том числе и в области просвещения.
В марте 1819 г. Александр I распорядился провести ревизию Казанского университета. Царский ревизор М. Л. Магницкий пришел в ужас от «погибельного материализма», пронизывающего, по его мнению, все университетское преподавание. В своем докладе царю он предложил «публично разрушить» университет. Однако Александр надписал на докладе: «Зачем разрушать, можно исправить» и назначил Магницкого попечителем Казанского учебного округа.
В университете вводятся аракчеевские порядки. К примеру, даже вступить в брак преподаватели могли лишь с разрешения попечителя. В еще большие казарменные условия было поставлено студенчество. Один из профессоров Казанского университета писал о жизни студентов: «...даже в свою комнату они ни ногой, как разве только после ужина на ночь, а то весь день или в классах, или в комнатах, так называемых занимательных, или в саду... Все разочтено по времени, даже и со двора идти не иначе, как по билету. Все обязаны ходить по форме».
Свою деятельность мракобес-попечитель начал с увольнения профессоров, признанных неблагонадежными. Это поставило университет на грань закрытия. Так, в 1819/20 учебном году преподавание на всех кафедрах медицинского факультета вел единственный профессор — К. Ф. Фукс.
Магницкий издает многочисленные инструкции, которыми добивается, чтобы в университетском преподавании «дух вольности ни открыто, ни скрыто не ослаблял учения церкви».
Даже в математике должны подтверждаться «высочайшие истины веры: без единицы не может быть числа, так и мир не может быть без единого творца; гипотенуза в прямоугольном треугольнике есть не что иное, как символическое соединение земного с божеством».
Не избежал благочестивых указаний Магницкого и медицинский факультет. «...Профессоры сего факультета должны принять всевозможные меры, дабы отвратить то ослепление, которому многие из знатнейших медиков подвергались от удивления превосходству органов и законов животного тела нашего, впадая в гибельный материализм от того, что наиболее премудрость творца открывает. Студенты должны быть предостережены на счет сего ужасного заблуждения»2. В 1826 г. Магницкого увольняют от должности попечителя, но дух, насажденный им, продолжает оставаться в жизни университета еще долгие годы.
В конце 20-х — начале 30-х гг. открывается новая страница в истории Казанского университета. Дальнейшее его развитие по существу определили два события: избрание в 1828 г. ректором Н. И. Лобачевского и введение в 1835 г. университетского устава.
