Время царствования Николая I завершилось бесславным поражением в Крымской войне. По существу, это была расплата, говоря словами выдающегося российского историка С. М. Соловьева, «за тридцатилетнюю ложь, тридцатилетнее давление всего живого, духовного, подавление народных сил». Поражение в Крыму явилось результатом политического деспотизма и мракобесия, всевластия чиновничьего, бюрократического сословия.
С воцарением на престол Александра II в России начинается эпоха великих реформ, которую по аналогии с таковыми в западных странах можно назвать эпохой Просвещения. «Суть этого феномена, по определению В. И. Жукова, состоит в появлении философского, мировоззренческого, идейно-теоретического течения, выступающего против феодального абсолютизма, крепостничества и церковного мракобесия, с одной стороны, и за утверждение духовных ценностей, уважение достоинства личности, отрицание всемогущества власти (как светской, так и церковной) — с другой».
Алексндр II
Вне всякого сомнения, вершиной в системе реформ, затрагивающих все стороны жизни российского общества, стали отмена крепостного права (1861 г.) и введение земского самоуправления (1864 г.). Но в плане духовного раскрепощения человека и общества, нравственного и идеологического фундамента социально-экономического реформирования не менее выдающуюся роль сыграли реформы в сфере народного просвещения и образования.
Начало широкому обсуждению проблем народного образования положила статья великого ученого-медика и гражданина Николая Ивановича Пирогова «Вопросы жизни», опубликованная в 1858 г. в журнале «Морской сборник». В статье утверждалась революционная для того времени идея достоинства человека вне зависимости от сословной принадлежности, общественного и имущественного положения. По мнению гениального хирурга, профессиональной подготовке должно предшествовать общее образование, цель которого — воспитание нравственного человека.
Центрами образования, просвещения и науки в стране оставались российские университеты. Во второй половине XIX в. к шести существующим (Московскому, Петербургскому, Дерптскому, Казанскому, Харьковскому и Киевскому) университетам прибавились еще три — Новороссийский (Одесский, 1865 г.), Русский Варшавский (1869 г.) и Томский (1888 г.). Прогрессивное развитие университетского образования в эпоху «русского ренессанса» во многом определил университетский устав 1863 г.
Обсуждение нового университетского устава началось задолго до его принятия. В нем участвовали многие видные ученые. Принятие нового устава проходило в весьма непростой общественно-политической обстановке. С одной стороны, на правительство оказывали давление либеральные настроения в обществе и студенческие волнения, охватившие почти все университеты России, а с другой — не менее упорным было сопротивление нововведениям консервативной части общества, прежде всего чиновничьей бюрократии. О радикальных настроениях, например, казанского студенчества свидетельствовало уже описанное выше изгнание реакционного профессора Берви. Также навсегда в истории Казанского университета как пример сопротивления реакционным действиям властей останется студенческая сходка в связи с расстрелом крестьян села Бездна 12 апреля 1861 г., когда студенты университета и Духовной академии устроили на Арском кладбище панихиду по погибшим крестьянам. На всю Россию тогда прозвучала пламенная речь профессора-историка А. П. Щапова, произнесенная на этой панихиде.
В конце 50-х — начале 60-х гг. XIX в., в эпоху начала великих реформ Александра II, важную роль в жизни Казанского университета сыграл великий русский химик А. М. Бутлеров. Он был ректором университета с февраля 1860 г. до мая 1863 г. Руководимый им совет университета настойчиво добивался повышения уровня образования всех сословий, призывал к достижению равных возможностей доступа к высшему образованию женщин. По его инициативе были приглашены для работы в Казанском университете классики отечественной медицины биохимик В. Я. Данилевский и терапевт Н. А. Виноградов.
18 июня 1863 г. император Александр II утвердил долгожданный университетский устав. Этот документ положил начало широкой автономии университетов. Так, в частности, он расширил полномочия совета университета и ректора. Совет вновь приобрел право избирать ректора и деканов. Кроме того, он утверждал распределение предметов, порядок их преподавания на всех факультетах, а также решения о разделении факультетов на отделения, соединение и разделение кафедр. Вместе с тем реализовать эти права в полной мере не всегда было просто, так как все важнейшие решения совета должны были быть утверждены либо попечителем, либо министром народного просвещения. К тому же устав значительно расширил полномочия попечителя. В частности, он приобрел право утверждать избрание доцентов и лекторов. Противоречие между автономией университета и, по существу, неограниченной властью вышестоящих чиновников (попечителя и министра) стало причиной ряда острых конфликтов. Наибольшую известность из них получила так называемая «Лесгафтская история». Так как она напрямую касается истории медицинского факультета Казанского университета, чуть ниже остановимся на ней подробнее.
В эпоху функционирования устава 1863 г. в развитии Казанского университета произошли позитивные изменения. Прежде всего, заметно возросло количество обучаемых студентов (с 346 человек в 1863/64 учебном году до 904 в 1883/84). Казанский университет окончательно сформировался в качестве крупного центра науки, образования и культуры Российской империи. Казанские ученые заняли передовые позиции в мире в области химии (А. М. Бутлеров, В. В. Марковников, А. М. Зайцев), успешно работали в области математики (В. Г. Имшеницкий), астрономии (М. А. Ковальский), минералогии и геологии (Н. А. Головкин-ский, А. А. Штукенберг), биологии (Н. П. Вагнер), лингвистики (И. А. Бодуэн де Куртенэ) и т. д. Ученые университета выступили инициаторами организации ряда научных обществ: Общества врачей г. Казани (1868 г.), Общества естествоиспытателей (1869 г.), Общества археологии, истории и этнографии (1878 г.), Казанского юридического общества (1879 г.).
