Учеными КГМИ проводилась большая и разнообразная работа по оказанию помощи органам здравоохранения. В аппарате Министерства здравоохранения Татарской АССР и Казанского горздравотдела работали профессора А. Ф. Агафонов, Т. Д. Эпштейн, доцент Д. Е. Потехин и др.
На должности главного терапевта эвакогоспиталей Наркомздрава Татарской АССР с 1943 по 1946 г. находился профессор В. И. Катеров. Консультантами эвакогоспиталей были профессора С. М. Арановский, И. П. Васильев, Н. К. Горяев, М. П. Андреев, В. Е. Адамюк, К. А. Дрягин, И. В. Домрачев, Н. В. Соколов, А. Э. Озол, Н. Н. Лозанов, Л. И. Омороков, Б. Л. Мазур, доценты И. Ф. Харитонов, Г. И. Забусов и др. Они также выезжали на заводы Казани и другие населенные пункты Татарской АССР для оказания санитарно-гигиенической и лечебной помощи. Профессора Е. М. Лепский и А. Ф. Агафонов, доцент Е. П. Кревер проводили консультативную работу по борьбе с детской заболеваемостью и смертностью.
В 1943—1944 гг. студенты старших курсов принимали деятельное участие в борьбе с септической ангиной. Вот как об этом вспоминает доцент кафедры микробиологии, бывшая студентка военной поры М. Г. Верим: «Нашей группой руководил проф. А. Ф. Агафонов. Мы приехали в Азнакаево. Первое, что мы увидели, это трупы, которые выносили из больницы и домов один за другим. Нас, пятикурсников, наделили правами и обязанностями врачей и распределили по участкам. Мы увидели огромное число больных, у которых наблюдались высокая температура, тяжелая ангина, кровотечения из носа, десен, кишечника и матки. Это была «септическая ангина». Больные и трупы были в каждом доме. В памяти остался страшный эпизод: солдат, вернувшийся с фронта, застал свой дом заколоченным, т. к. вся его семья погибла. Выяснилось, что все больные ели хлеб из зерна, перезимовавшего в поле. Они собирали его втайне и тщательно прятали.
Мы должны были лечить больных, обеспечить их питание и, главное, остановить эпидемию. Нужно было организовать с помощью милиции обмен перезимовавшего зерна на полноценное. Для этого нас наделили полномочиями представителей фронта. В нашем распоряжении были продукты из колхозных запасов и медикаменты.
Первоначальные трудности были связаны с тем, что заболевание воспринималось как божье наказание. Люди не верили в возможность излечения. Со временем, когда нам удавалось остановить болезнь, наш авторитет возрастал. Тогда стал возможным переход к профилактике заболевания. Начальные симптомы были основанием для получения продуктов. Именно это положило начало доверительным отношениям со стороны наших пациентов. Нас провожали с огромной благодарностью». Эта история имела продолжение в трудах ассистента кафедры биологии О. К. Элпидиной, идентифицировавшей гриб (fusarium рое), токсин которого и вызвал токсическую алейкию.
Деятельно работали научные общества Казани. Так, хирургическое общество за время войны провело 38 заседаний с 78 докладами и более 100 демонстрациями.
