В 1964— 1994 гг. в КГМИ была проведена реорганизация ряда кафедр и были открыты новые кафедры. Эти нововведения (порой спорные, а то и неоправданные) в условиях научно-технической революции и дальнейшей дифференциации знаний в целом носили прогрессивный характер и стимулировали научные исследования, клиническую, лечебную работу и повышение уровня образования студентов.
Преобразование гуманитарных дисциплин было связано с переменой общественно-экономического строя страны. Были ликвидированы кафедры истории КПСС и научного коммунизма, на их базе создана кафедра истории отечества и социологии. Из теоретических дисциплин реорганизация коснулась кафедр химического профиля: вместо четырех после многочисленных соединений и разъединений было создано три кафедры.
В начале 80-х гг. было принято решение о ликвидации классического спектра терапевтических, хирургических, педиатрических кафедр. Вместо факультетских и госпитальных были созданы несколько объединенных клинических кафедр, обозначаемых номерами. По терапии, например, было организовано даже четыре таких учебных подразделения — кафедры внутренних болезней № 1, № 2, № 3, № 4. В конце 90-х гг. XX — начале XXI вв. данную ситуацию пришлось исправлять.
Были открыты кафедры:
- курс (доц. Н. И. Петухов, 1964 г.), а затем кафедра коммунальной гигиены (проф. М. М. Гимадеев, 1973 г.);
- курс гигиены детей и подростков (проф. А. М. Хакимова, 1965 г.), а затем кафедра общей гигиены педфака и гигиены детей и подростков (проф. А. X. Яруллин, 1991 г.);
- детской хирургии (проф. М. Р. Рокицкий, 1967 г.);
- травматологии, ортопедии и военно-полевой хирургии (проф. Г. М. Николаев, 1967 г.);
- урологии (проф. Э. Н. Ситдыков, 1970 г.);
- туберкулеза (проф. Ф. Т. Красноперов, 1972 г.);
- кафедра физиотерапии и лечебной физкультуры (проф. А. Г. Ибрагимова, 1974 г.),
- анестезиологии и реанимации (проф. В. Ф. Жаворонков, 1976 г.);
- эндокринологии (проф. В. В. Талантов, 1976 г.),
- стоматологии детского возраста (проф. X. М. Сайфуллина, 1977 г.);
- курс педагогики высшей медицинской школы (доц. Р. С. Гарифьянов, 1979 г.),
- нейрохирургии (проф. X. М. Шульман, 1980 г.);
- латинского языка и медицинской терминологии (доц. Т. Г. Тимофеева, 1982 г.),
- поликлинической педиатрии (проф. А. П. Пигалов, 1986 г.),
- кафедры внутренних болезней № 3 (проф. Д. А. Валимухаметова, 1980 г.) и № 4 (доц. 3. Ш. Хасанов, 1991 г.),
- кафедра хирургических болезней № 3 (проф. И. В. Клюшкин, 1991 г.).
Некоторые кафедры как самостоятельные учебные подразделения, в силу ряда причин (прежде всего малого количества учебных часов), долго не просуществовали и в 80—90-х гг. в виде курсов вошли в состав других кафедр. В рассматриваемый период такая судьба постигла следующие кафедры:
- В 1974 г. в КГМИ создается кафедра физиотерапии и лечебной
физкультуры, которую до 1985 г. возглавляла профессор Альфия
Галимовна Ибрагимова. Основное научное направление ее деятельности посвящено
изучению роли нейрогуморальной и нейрогормональной систем у больных с
заболеваниями ревматического круга для разработки методов патогенетической
физиотерапии. С 1975 г. она впервые в нашей стране начала разрабатывать
вопросы клинико-физиологического обоснования применения переменного магнитного
поля в комплексной терапии больных коллагеновыми заболеваниями. В течение 25
лет А. Г. Ибрагимова являлась внештатным главным физиотерапевтом МЗ РТ.
С 1985 по 1991 г. кафедрой заведовал профессор Юрий Егорович Микусев. Он соавтор руководства по спортивной медицине. В 1991 г. кафедра была расформирована. В 50 — начале 60-х гг. XX в. были организованы противозобные диспансеры в Лениногорске и Казани, одно из первых в СССР эндокринологическое стационарное отделение в Казани, а затем — республиканский диспансер. При кафедре госпитальной терапии КГМИ с 1962 г. начал читаться отдельный курс лекций по эндокринологии, а в 1967 г. организован внутрикафедральный курс эндокринологии, на базе которого в 1976 г. создана первая в СССР кафедра клинической эндокринологии. Это дает право сказать, что КГМИ являлся пионером создания самостоятельной вузовской эндокринологии. Научной проблематикой кафедры стали сахарный диабет, эндемический зоб, гипотиреоз. Во все учебники и издания по эндокринологии вошли результаты исследований профессора В. В. Талантова и его учеников по проблеме осложнений инъекционной терапии. Практическую ценность имеют исследования вторичных метаболических и гормональных сдвигов при сахарном диабете, их роль в механизмах осложнений заболевания и изучение путей их коррекции. В. В. Талантовым написаны 4 монографии, подготовлены 4 доктора и 17 кандидатов наук. С 1994 по 1998 г. кафедрой заведовал доцент Энгель Насимович Хасанов. - Кафедра патологии и фармакотерапии была организована в 1983 г. в связи с введением в учебные планы фармацевтических институтов и факультетов новой дисциплины — патологии. Организатором кафедры был профессор М. М. Миннебаев, первыми ассистентами на кафедре работали Ф. И. Мухутдинова, М. С. Мусин, Ш. Б. Файзуллин. Известный специалист в области патофизиологии лимфатической системы, профессор М. М. Миннибаев определил основным научным направлением кафедры изучение роли и функции лимфатической системы в патогенезе экстремальных состояний и типических патологических процессов (воспаление, лихорадка, аллергия, шок). В 1993 г. кафедра прекратила свое существование, учебные часы были переданы кафедрам фармакологии и патофизиологии.
- Организатором кафедры нейрохирургии был профессор Хаим Моисеевич Шульман (1929—1998). Он в 1976 г. создает курс нейрохирургии при кафедре травматологии, ортопедии и военно-полевой хирургии, а в 1982 г.— самостоятельную кафедру нейрохирургии. Через пять лет эта кафедра в виде курса вошла в состав кафедры неврологии. В историю медицины Татарстана и КГМУ X. М. Шульман вошел как организатор нейрохирургической службы республики, основоположник преподавания нейрохирургии, блестящий нейрохирург. Дело X. М. Шульмана успешно продолжает его ученик — профессор В. И. Данилов.
- В 1980 г. была создана кафедра клинической фармакологии и внутренних болезней № 3. Ее возглавила профессор Дания Абдулловна Валимухаметова. Научным направлением ученого стало изучение биоэнергетики клетки. На кафедре под ее руководством проводилось клинико-экспериментальное изучение новых отечественных биологически активных средств. Она руководитель 1 докторской и 5 кандидатских диссертаций.
- В 1991 г. создается кафедра внутренних болезней № 4 для студентов вечернего факультета лечебного факультета. Ее возглавил доцент Зуфар Шайхутдинович Хасанов. В 1995 г. кафедры внутренних болезней № 3 и № 4 сливаются, получив название «кафедра внутренних болезней № 3» (зав.— доцент 3. Ш. Хасанов), а в 2000 г. эта кафедра входит в состав вновь организованной кафедры факультетской терапии.
- В 1991 г. была создана кафедра хирургических болезней вечернего отделения лечебного факультета, позднее названная кафедрой хирургических болезней № 3. Ее заведующим был профессор Иван Владимирович Клюшкин. Круг его научных интересов — лечение больных с болями в спине. В 2001 г. кафедра вошла в состав кафедры общей хирургии.
- Кафедра анестезиологии и реаниматологии. В КГМИ преподавание анестезиологии и реаниматологии началось с марта 1969 г., когда при кафедре госпитальной хирургии № 2 был открыт курс по данному предмету (зав.— С. А. Валитов), который в 1976 г. был реорганизован в кафедру, которую возглавил В. Ф. Жаворонков. Сотрудниками кафедры стали ассистенты Р. Н. Нургалеева, В. Н. Красильников, П. В. Горшенин, В. Н. Шалимов. В 1998 г. кафедра вошла в виде курса в состав кафедры хирургии № 1. Таким образом, в историю казанской медицинской школы как родоначальники преподавания анестезиологии и реаниматологии вошли доцент Сулейман Ахмет-Сафич Валитов и заслуженный деятель науки РТ, профессор Владимир Федорович Жаворонков.
- В 1974 г. при кафедре госпитальной хирургии был организован курс онкологии, который возглавил доцент Асфат Сулейманович Абдуллин (1933—1989), защитивший в 1988 г. докторскую диссертацию. В 1987 г. курс становится самостоятельным. В 1992 г. он входит в состав кафедры хирургических болезней лечебного факультета.