Трудности военных лет, необходимость совмещения учебы с работой для многих студентов обусловили в первые годы войны большой отсев из института. Только с 1 июля 1941 по 1 апреля 1942 г. оставили институт 750 человек. Дирекция, партийная и комсомольская организации приложили немало усилий к улучшению быта и питания студентов. Была установлена связь с выбывшими из вуза, и «приняты все меры по возврату последних на учебу». Партком института выделил «для повседневной политической работы в студенческие группы 40 преподавателей». Хотя часть студентов и выбыла из вуза, принятые меры позволили увеличить контингент студентов с 2194 человек на 1 января 1941 г. до 2860 человек к началу 1945 г.
Проводилась большая работа по приему в КГМИ: организовывались встречи профессорско-преподавательского состава с выпускниками средних школ Казани, дни открытых дверей, в кинотеатрах перед началом сеансов демонстрировались световые рекламы; по радио и со статьями в местной печати выступали деканы педиатрического (проф. Е. М. Лепский) и санитарно-гигиенического (проф. В. В. Милославский) факультетов. В сельские районы Татарии, Чувашии, Марийской республики выезжали профессора Н. Н. Лозанов, 3. И. Малкин, А. Д. Адо и др.
При комитете ВЛКСМ была организована специальная комиссия, члены которой встречали приезжающих, «пропускали их через санобработку, устраивали их в специально для них выделенные помещения... Все приезжающие обеспечивались постельными принадлежностями и питанием в столовой института». В 1942 г. при плане приема в 750 человек было зачислено 1130.
В холодных аудиториях, где замерзали чернила, занимались в 2—3 смены. В холодные и голодные 1941—1942 гг. студенты выезжали на уборку урожая, заготовку дров, строительство оборонного рубежа, который готовился на случай отступления от Москвы. Они становились донорами, вели санитарное просвещение среди населения. Студенты привлекались к обслуживанию раненых в госпиталях: старших курсов — выполняли работу врачей, а младших курсов — санитаров. А когда наступали короткие моменты передышки, давали концерты, писали письма под диктовку, читали весточки от родных тяжело раненым. Вот как об этом образно сказала поэт Вероника Михайловна Тушнова, работавшая в одном из казанских госпиталей: «Я за годы войны побывала во всех городах и чужую беду я баюкала целую ночь».
В 1942 г. «в летнее время институтом было откомандировано более 1000 человек студентов на санитарно-противоэпидемическую работу в районы Татарской республики».
Студентам первых лет войны было не до науки. Лишь в 1943 г., когда было остановлено немецкое наступление, у молодых энергичных студентов обострился интерес к науке, истории, углублению знаний. Они стали собираться после учебы и работы в аудитории «Старой клиники». Во время одного из заседаний в клинику вошел профессор В. Н. Терновский. Он высоко оценил инициативу студентов. Студенческое научное общество было узаконено как общественная организация, научным руководителем которого назначили профессора Н. В. Соколова, а председателем избрали студента Авраама Лихтенштейна (впоследствии профессор, хирург-пульмонолог). В кружках активно занимались будущие известные ученые Ляля Ишимова, Аркадий Маслов, Михаил Шулутко, Яков Милославский, Мария Верим, Григорий Хасис и др.
19 октября 1943 г. в институте состоялась первая студенческая научная конференция. Она проходила в верхней аудитории второго учебного здания КГМИ. По воспоминаниям М. Г. Верим, «зал был переполнен, обе двери открыты. Были заслушаны шесть докладов, как реферативных, так и экспериментальных. Я делала первый доклад «25 лет советского здравоохранения»... при подготовке за помощью я обращалась к профессору Товию Давидовичу Эпштейну. Он мне очень помог: указал литературу, рекомендовал использовать высказывания о медицине Вересаева, Чехова, Булгакова. Товий Давыдович пришел и на конференцию. Но войти в зал не смог, так как аудитория была переполнена. С кафедры биохимии ему принесли стул и, сидя у открытой двери, он прослушал часть докладов. В то время Т. Д. Эпштейн был главным санитарным врачом республики. Естественно, что он был очень занят и должен был уйти. Но он написал и передал в президиум записку, которую прочли после окончания докладов. В ней Товий Давыдович высоко оценил конференцию и желал всем студентам дальнейших успехов». Впоследствии общеинститутские студенческие конференции стали регулярными.
В институте широко проводилась кампания по сбору теплых вещей для армии. Коллектив вуза собрал для бойцов Сталинграда более 3500 вещей.
